Atık biyoproses teknolojileri laboratuarında atıklardan ticari ürünler ve temiz yakıtların üretimi konularında teknolojik çalışmalar yapılmaktadır. Laboratuar değişik reaktörler ve ölçüm cihazları açısından donanımlıdır. Laboratuarda yürütülen projeler; atıkların etil alkol, biyolojik aktiviteli gübre katkı maddesi bigi ticari ürünlere dönüştürülmesi, atıklardan hidrojen gazı, alkol ve biyo-dizel gibi temiz enerji üretimi; biyo-yakıt hücreleri ile atık arıtımına paralel olarak düşük akımlı elektrik enerjisi üretimi, toksik organik bileşikler içeren atıksuların kompakt biyofilm reaktörlerde hızlı ve yüksek verimle arıtımı, kompakt hibrid arıtma reaktörleri geliştirilmesi, süspanse ve biyofilm reaktörlerinin birlikte kullanıldığı kompakt ve etkin reaktör konfigurasyonları ve atıksulardan ağır metal giderimi teknolojilerinin geliştirilmesi olarak özetlenebilir.